實際操作流程并不復雜，大多數設備都做了簡化設計。醫務人員只需按照軟件提示完成校準、輸入基本信息、指導受檢者完成呼吸動作即可。國產品牌如科進的 KPF1000 系列 就采用步驟式界面，測試波形和結果都會自動顯示。

受檢者需要配合完成深吸氣、深呼氣等動作，因此醫護人員的指導會影響最終結果，但整體流程很快，一般幾分鐘即可完成一次測試。對于體檢中心來說，這種高效率操作相當適合批量篩查。

現代肺功能儀還支持視頻動畫引導(尤其適用于兒童)、自動保存歷史記錄、結果快速打印，使得檢測效率進一步提升，減少人工操作環節。